Infrastructura sub presiunea situatiilor de urgenta

[cristi5]

NYT: transportul public s-ar putea sa fie sigur, sa nu se transmita virusul.

https://www.nytimes.com/2020/08/02/nyregion/nyc-subway-coronavirus-safety.html

[voicul]

Studiu din Europa care a investit masiv, masiv, masiv SI cel mai mult in transportul in comun. (.vs transport cu masina).

E ca si cum ai fi producator de ulei si ai zice ca ulei nu afecteaza mai deloc sanatatea, pentru ca doar vrei sa mai vinzi si tu ce produci, nu?

[dr4qul4]

@cristi5, nu stiu cum e cu statistica aia, DAR din 11 teste (normale nu rapide) 3 au iesit fals-pozitive. Niciunul nu a avut nici un fel de simptome.
Pur si simplu, testele facute de Regina Maria sunt DEGEABA. Sper sa le-o traga cei de la CFR Cluj, pentru ca s-au gandit doar la profit, si nu s-au asigurat ca au dotarile si procedurile necesare.
Asa ca sa nu va mirati de ce grecii nu tin cont de testele prezentate, si testeaza si ei in vama.
Un singur lucru este clar in acest moment: inca nu stim ce e cu virusul asta. Sunt mult prea putine informatii despre el si supozitiile se bat momentan cap in cap. In conditiile astea vaccinul este departe.
Bine macar ca tratamentul functioneaza.

[bgd77]

@voicul se fac tot teste RT-PCR la intrarea in Grecia. Dupa ce iti ia proba, rezultatul e dat in 24 de ore, timp in care ei recomanda "social distancing". Te lasa sa pleci de la aeroport/granita la cazare pana sa iti vine rezultatul.

Testele de anticorpi, "mai rapide", sunt folosite pentru a determina daca ai fost infectat sau nu, nu daca esti infectat la momentul respectiv. Si cum spunea si Cristi au erori destul de mari.

O problema la testele PCR este ca pot da rezultat negativ daca il faci imediat dupa infectare, deoarece incarcatura virala este mica la momentul respectiv. De aceea in protocolul de testare este specificat un numar de zile de la un contact cu o persoana pozitiva pana cand se face testul.

[TibiV]

3 august 2020 - aparent scaderi, dar o prabusire a numarului de teste ca, deh, week-end. Si "testerii" sunt oameni...

- 823 cazuri noi (-252) + 302 reconfirmati (insa din doar 8,045 teste - 5.546 în baza definiției de caz și a protocolului medical, iar 2.399 la cerere - practic a doua zi weekend, numarul de teste a scazut cu inca 40%)
(OBS: peste 10% din testati au fost confirmati... )
- 19 RIP (-15)
- 419 internati la ATI (+7 fata de ieri, alt "nou record national" )

[nicolaem]

asta cu 10% confirmati ar trebui studiata pe judete. pentru ca unde am urmarit eu procentul e 5%. Decent.
asta inseamna ca in judetele problematice au rate mult mai mari.
Are cineva date in judetele "rosii"?

[frunzaverde]

Nu, testele actuale nu sunt un mare fas. Calitatea unui test este data de indicatorii standard folositi in statistica : matricea de confuzie si indicatorii derivati. In medicina, pare ca se prefera doi indicatori derivati : sensitivitatea (true positive rate/TPR sau recall) si specificitatea (true negative rate/TNR). In alte domenii ale statisticii se prefera alti indicatori (precizia (PPV) fiind un alt indicator comun).

Sensitivitatea (TPR) este numarul de cazuri de boala identificate de test. Adica, daca vine un bolnav real, face testul, cat e probabilitatea ca ii iese testul pozitiv (+)?
Specificitatea (FPR) este numarul de cazuri de persoane sanatoase identificate de test. Adica, daca vine om sanatos de pe strada, face testul, cat probabilitatea ca ii iese testul negativ (-)?

La nici un test din lumea asta nu e 100%/100% din diverse motive: complexitatea procesului, eroare umana, procedura de colectare a datelor. Pentru RT-PCR la COVID avem urmatoarele valori in literatura, cautate rapid:

BMJ: https://www.bmj.com/content/bmj/369/bmj.m1808.full.pdf zice ca avem o sensitivitate de >70% si o specificitate de 95-99%.
Adica, daca chiar esti bolnav, 7/10 teste or sa-ti spuna pozitiv si 3/10 or sa-ti spuna negativ. Daca esti sanatos insa, 95/100 - 99/100 din teste iti vor spune ca esti sanatos.

ECDC: https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/latest-evidence/diagnostic-testing spune valori mai mari pentru sensitivitate (>90%); la selectivitate >95% este criteriul european de aprobare a testelor, dar majoritatea testelor spun 99%.

Deci, daca esti sanatos, probabilitatea ca testul sa-ti iasa pozitiv este foarte, foarte mica, undeva la 1-5%. Probabilitatea ca daca esti sanatos si repeti testul sa iasa de doua ori pozitiv este intre 0.1% si 0.25%, deci practic nula. Daca esti bolnav insa, si-ti faci 4 teste, e mult mai simplu sa obtii un test negativ (fiecare al treilea - al noualea test al unui bolnav fiind... negativ). Clar pana aici?

Sugestia data de diversi, de care ne povesteste @voicu este o prostie fara margini. Testele sunt foarte bune la a detecta sanatosi, si (mult) mai putin bune la a detecta bolnavi; bolnavul detectat, insa, e detectat cu o certitudine foarte, foarte, foarte, foarte mare. Deci este o probabilitate mult mai mare (aproximativ 97%) ca pozitiv urmat de negativ sa fie de fapt nu fals pozitiv ci infectat asimptomatic/slab simptomatic. Sansa ca 3/11 teste sa fie toate trei fals pozitive este extraordinar de mica: o asemenea sansa apare in sub 1/100000 testari (numarul de zerouri e calculat, nu scos din burta). In schimb, sansa pentru un bolnav ca urmatorul test sa fie negativ dupa un pozitiv este foarte mare - >33% (30% din eroarea testului, si mult mai mult daca bolnavul se negativeaza, adica devine sanatos).

Indicatorii astia se testeaza inca din fabrica, si sunt parte a documentatiei de omologare a testarii. Acum, daca la un furnizor de testari le ies mult mai multe teste fals-pozitive decat ar trebui conform omologarii, ori gresesc ei, ori gresesc ei. Posibil ca laboratorul sa contamineze probele din greseala, ceea ce e nasol, ca daca se contamineaza probe, se contamineaza si oameni.

P.S. @cristi5 a spus cam acelasi lucru dar din alte surse - confirmand ca valoarea testelor e evaluata similar in multiple locuri.

[cristi5]

Daca esti bolnav insa, si-ti faci 4 teste, e mult mai simplu sa obtii un test negativ (fiecare al treilea - al noualea test al unui bolnav fiind... negativ).

Corect dar pe asta se suprapune si faptul ca omul se "vindeca" (nu stiu ce inseamna bolnav si vindecat daca nu a avut simptome). Multi de vindeca in cateva zile.

Totusi la CFR Cluj la 26 de pozitivi la Regina Maria, dupa care toti au iesit negativi la teste facute in paralel in 2 clinici (una de boli infectioase si una privata) poate fi fishy.

Sau au fost toti asimptomatici si le-a trecut pana s-au intors la Cluj.

[frunzaverde]

Exact - se pot fi inclusiv vindecat.

Si da, e fishy - posibil sa fie o problema de contaminare in laboratorul/echipamentul respectiv.

[Io]

Am o curiozitate si cer ajutorul celor care stiu si pot sa urmareasca instrumentele-astea de masurare: in tabloul "general" anual de boli virale ale omenirii, de la Hepatite, TBC, gripe, pneumonii, HIV, malarie, febra galbena, holera, rabie si cite-or mai fi, unde sta Covid19 din ce stim pina acum? (Evident ignoram prostia si politica, nu ca n-ar fi virale ci ca nu sint masurabile.  )

Mai toti amicii medici cu care mai vorbesc (nu sint epidemiologi, au alte specialitati) sint mai mult decit rezervati cind vine vorba despre o eventuala durata a epidemiei asteia, de la "minimum 1 an de-aici inainte" si pina la "pentru totdeauna". Brrrr. Cind a venit vorba despre vaccinuri cel mai optimist raspuns a fost tot in zona aia, cel putin 1 an de-aici incolo "dar asta cu multa bafta" pina la "poate niciodata". Iar brrrrr. 

[voicul]

@bgd77 Am inteles.
Totusi situatia ramane de la prietenul asta: nu s-au uitat pe testul din RO (dar il cer ca sa isi protejeze oamenii din vama, daca iese ca ai, evident ca nu mai pleci in vacanta) si au facut si ei test.
Acum nici fara el nu poti sa te duci ca cine stie cum te intorc de la vama ca nu ai test din RO.

Vaccin exista si se pare ca e bun:
Cam asa este plauzibil: 6 - 12 de luni de acum sa iasa pe piata.
Da, Covid poate sa ramana mult timp pe langa noi.

Problema cand apare vaccin-ul: minim inca 1 an (deci pana la 2 de acum) sa vaccinezi, asa mai multi oameni - sa zicem 50% din populatie - 4 miliarde adica.

Vaccinul asta e cu risc:
Rusia pretinde că pregătește vaccinarea în masă a populației contra coronavirusului
https://www.digi24.ro/stiri/externe/rusia-pretinde-ca-pregateste-vaccinarea-in-masa-a-populatiei-contra-coronavirusului-1347274

[frunzaverde]

Din ce-am discutat cu medici (inclusiv infectologi si epidemiologi) si ce-am citit:

- pentru individ boala nu e extrem de rea. Mortalitatea estimata la infectie este undeva la 0.6-0.7% (best guess facute prin n-spe metodologii, pe o structura de populatie similara cu cea din Romania sau Vestul Europei), iar mortalitatea in cazurile detectate e undeva la 1-5% in functie de tara (variatia asta e data de faptul ca testarea e greoaie, si mai ales la inceptul epidemiei foarte dificila si limitata, testandu-se in principal, in multe locuri super-afectate, doar cazurile grave). Este mult-mult mai mortala ca gripele normale (IFR 0.01%-0.05%), ca gripele pandemice din ultimul secol (0.02-0.1%), este putin mai mortala ca malaria tratata adecvat intr-un spital de lumea a III-a sau holera tratate adecvat intr-un spital de lumea I (dar mai mortala decat holera tratata intr-un spital de lumea a III-a). E mai putin mortala ca febra galbena, HIV (tratat), TBC (tratat). Rabia, fara vaccin profilactic, e mortala in 100% din cazuri (cred ca sunt doi oameni care au trecut prin boala si inca traiesc...). Este mai putin mortala decat gripa spaniola (H1N1) in versiunea din 1918-1920; dar este mai mortala decat orice alta epidemie europeana sau pandemie din a doua parte a secoluli XX.

- boala are o mortalitate stratificata pe varste foarte diferita de aproape orice alta boala: o mortalitate practic zero in randul copiilor si tinerilor sub 20 de ani (numarul de decese in plaja asta de varsta este minuscul chiar si in cele mai afectate zone: in SUA, din 135.000 morti analizati, 42 au sub 15 ani; in Suedia, din 5700 de morti, 1 (unul) a avut sub 20 de ani), o mortalitate foarte mica sub 45-50 de ani, o mortalitate nu foarte inspaimantatoare sub 65-70 de ani, si o mortalitate foarte, foarte mare peste 65-70 de ani (peste 20% din cazuri).

Mortalitatea scade pe masura ce gasim tratamente pentru formele severe de boala si imbunatatim protocoalele. Folosirea de steroizi (ieftini si usor disponibili) reduce mortalitatea la cazurile severe cu ~30%. Protocoalele noi de oxigenare (care sunt mult diferite de cele din Wuhan sau de la inceputurile pandemiei in NYC sau Londra sau Spania, cand intubau foarte rapid, ceea ce s-a descoperit a fi o greseala) reduc si ele mortalitatea, estimarile doctorilor cu care am vorbit, cu 20-25%. Singurii de care stiu ca au publicat date longitudinale asupra mortalitatii in ATI sunt suedezii, unde mortalitatea a scazut cu 1/3 de la inceputul pandemiei.

- in schimb boala este foarte infectioasa, pentru ca nimeni nu are imunitate, si nu avem vaccin sau tratament eficient. Per total, in tarile cele mai afectate de epidemie (Spania, Italia, UK, US), COVID-19 a devenit, in varful epidemic, cea mai comuna cauza de deces, si in situatii extreme (Londra, NYC), a devenit cauza majoritara de deces in saptamanile de varf (adica >50% din decedati mureau de COVID-19). Asemenea cifre intr-o pandemie nu s-au mai intalnit de la Gripa Spaniola, care insa a fost si mai mortala ca procent (in locurile cele mai lovite de pandemia de Gripa Spaniola, peste 70-80% din decese erau, in 1918-20, de gripa).

Este insa mai putin infectioasa decat se credea la inceput; si infecteaza in clustere cu granite bine definite - si momentan nu se stie de ce. Numarul de infectati totali estimati din teste de serologie este semnificativ sub cel estimat la inceputul pandemiei. Fara vaccin si fara tratament, si fara masuri de supresie functionale, este posibil sa dureze ani multi. Cu masuri de supresie, se poate elimina (Islanda, Noua Zeelanda) sau aduce la niveluri scazute si controlabile prin masuri epidemiologice clasice (Germania, Austria, Norvegia, Danemarca, Finlanda, Vietnam, Slovacia, Ungaria...).

- Exista cinci vaccinuri in faza finala de testare pe oameni (SinoVac si Sinofarm din China, Moderna, Pfizer din SUA, si AstraZeneca din UK-Suedia) si inca o gramada in faze intermediare. Cele in faza finala de testare stim ca produc anticorpi neutralizanti exact ca "trecutul prin boala" si au efecte secundare acceptabile (modeste); deci pare ca merg, dar trebuie vazut cat de bine si in ce conditii pe cohorte mari. Pana acum, un vaccin ajungea in 5-10 ani de la proiect la faza III, acum a ajuns in cateva luni. Mai sunt alte sute de vaccinuri in lucru - 26 sunt deja in teste pe oameni si peste 150 in teste pre-clinice!

Faza III determina daca vaccinul ofera protectie la infectarea naturala; si se face pe cohorte mari (20-30.000 pacienti), si este ultimul pas; daca se demonstreaza ca previne boala (faza III este de succes), vaccinul va fi pus in vanzare imediat. AstraZeneca, Sinopharm si SinoVac vor avea primele rezultate ale fazei III in Septembrie - Octombrie, si Moderna in Octombrie - Noiembrie, de Pfizer nu stiu, dar probabil decembrie. Deja, vaccinurile astea sunt in productie "de masa", pentru a fi puse in vanzare imediat dupa ce se demonstreaza ca merg. SUA, India, China si Uniunea Europeana au cumparat deja cantitati mari de vaccin "propus" la risc; daca merge (si sansele sunt mari sa mearga, estimarile curente >80%), sa fie livrate imediat spre vaccinarea populatiei. Romania face parte din negocierea UE, care a achizitionat deja sute de milioane de doze AZ si Pfizer, si negociaza cu chinezii si Moderna. Conform WHO este foarte probabil sa avem un vaccin functional pana la sfarsitul anului, si extrem de probabil pana in jumatatea anului viitor.

Este foarte, foarte improbabil sa nu se gaseasca vaccin, virusul este foarte stabil si raspunsul imun al celor vaccinati e promitator. Vaccinarea va incepe (aproape) imediat ce se publica rezultatul pozitiv al vreunui studiu in faza III.

- Cat va dura imunitatea data de vaccin este insa o intrebare grea. Virusul nu pare a genera un raspuns imun de lunga durata (ceea ce exclude "imunitatea de turma"), ceea ce inseamna ca nici vaccinul nu o va face, cel putin primele generatii. Astra-Zeneca spune de 12-24 luni, deci va functiona ca anti-gripalul. Dar, spre deosebire de antigripal, nu va fi "hit-or-miss" din cauza mutatiilor.

[nicolaem]

porning de la procentul de infectati la teste efectuate am observat ca in cluj si alte 2 judete vecine presa locala publica din cand in cand numarul teste efectuate.
putem astfel sa ne calculam fiecare acel procent.

De curiozitate am intrat la intamplare pe 3 ziare din judetul Dambovita. Plin de stiri politice, declaratii politice ... etc

Presedintele Consiliului judetean da vina pe factorii externi pentru cresterea nr de infectii din ultima luna. Angajati care lucreaza in judetele vecine, sau diapora care se intoarce in tara.
Cu asa conducator.....

[TibiV]

Virusul nu pare a genera un raspuns imun de lunga durata (ceea ce exclude "imunitatea de turma"), ceea ce inseamna ca nici vaccinul nu o va face, cel putin primele generatii.

QED...

[Io]

Multumesc, Frunzaverde, my hat's off to you!

Ca numar de persoane/procent din omenire infectat Covid19 (eventual numar/procent de decese in toata lumea pina acum) vs aceleasi lucruri (infectii/decese pe toata planeta) de la celelalte boli virale s-au acumulat suficiente date incit sa poata fi comparate stiintific (statistic) corect sau mai trebuie asteptat?