Infrastructura sub presiunea situatiilor de urgenta

[frunzaverde]

Comentariu: CDC nu mai considera de mult 0.26% IFR. Nu e realist - 0.23% din populatia NYC a murit deja; ar insemna ca cel putin 88% din populatia NYC a facut deja boala ca sa iasa 0.23; testele de anticorpi nu arata asta.

IFR-ul curent estimat pentru COVID este 0.65% de CDC in scenariul cel mai probabil, cu 0.5%-0.8% in alte scenarii. IFR aproximativ ~0.6% a fost calculat de multiple surse, si in Franta, si in UK si in Suedia tot pe-acolo le-a iesit estimatul, in Spania le-a iesit un pic mai sus (0.8%). Pentru gripa, IFR estimat este 0.02-0.1% in functie de tulpina - la gripa "porcina" din 2009, IFR-ul estimat a fost 0.02%.

Sursa CDC: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/hcp/planning-scenarios.html#definitions

[nicolaem]

Au testat mai mult si/sau au nimerit mai bine. Tocmai asta-i problema numarului de cazuri confirmate, nu spune nimic despre evolutia epidemiei.

am avea mai multa incredere in calculele tale daca ai renunta la bold si la siguranta cu care iti sustii ghicitorile.
In romania metodologia de testare e cam aceasi. contacti. poti sa "nimeresti mai bine" din cand in cand. dar vad ca esti om cu graficele la el. putem face diferenta intre nimereala/exceptie si un trend pe 7 saptamani consecutive?

Daca ne uitam la perioada 25 mai- 12 iulie ( adica 49 de zile) vei observa ca numarul mediu de teste zilnice este de 10000 (in usoara crestere se la 10100 media in prima sapt a intervalului la 11000 in ultima.
Numarul mediu zilnic de cazuri descoperite a crescut de la 170 in prima sapt a intervalului la 509 in ultima.
Ori daca tu spui ca asta nu inseamna nimic, doar te decredibilizezi.
Eu sunt deacord ca numarul de infectii descoperite nu e cel mai bun indicator al pandemiei. Dar pana la nimic e cale lunga.
Cresterea nr de teste apare doar in aceasta saptamana. Sa vedem daca mai creste sau se stabilizeaza o vreme la 15-20k teste pe zi.
Nu as fi venit cu cifrele astea daca nu puneai nimicul ala cu bold.

LE uite si un studiu legat de o alta controversa de pe acest topic:
https://www.hotnews.ro/stiri-coronavirus-24182036-new-york-times-copiii-varste-peste-10-ani-pot-transmite-coronavirusul-fel-adultii-arata-studiu-sud-coreean.htm

"Copiii cu vârste de peste zece ani pot transmite coronavirusul la fel de mult ca adulţii, arată un studiu efectuat de cercetători din Coreea de Sud, informează cotidianul The New York Times. Studiul, care a implicat aproape 65.000 de oameni, sugerează că redeschiderea școlilor va aduce după sine mai multe focare de infecții."

[voicul]

Si acum se asteapta:
1. Ca lumea sa se sperie si deci sa aplice regulile
2. Lumea sa petreca si mai tare, ca daca tot ne baga iar in casa ...

De ce oare scenariu pesimist - 1 milion si nu 10 miliarde? Ii doar gura sa arunce o cifra mai mare la intamplare? 
Si cu 2000 de cazuri pe zi nu prea ajungem la 200.000 in septebrie, dar la 1 milion !!!

----

Prognoză: Condițiile pentru starea de urgență, îndeplinite între 1-3 august. Scenariu pesimist: un milion de cazuri în septembrie

România se află într-o creștere supra-exponențială a cazurilor de coronavirus, în condițiile în care distanțarea socială a scăzut până la nivelul lunii aprilie. Astfel, dacă aceste condiții se păstrează, România ar putea fi nevoită să intre din nou în stare de urgență undeva la începutul lunii august, pentru a face față situației. Mai mult, un scenariu pesimist arată că, în luna septembrie, vom ajunge la peste un milion de români care au fost sau sunt infectați.

https://www.digi24.ro/stiri/actualitate/prognoza-conditiile-pentru-starea-de-urgenta-indeplinite-intre-1-3-august-scenariu-pesimist-un-milion-de-cazuri-in-septembrie-1340367

[cristi5]

am avea mai multa incredere in calculele tale daca ai renunta la bold si la siguranta cu care iti sustii ghicitorile.

Folosesc bold ca sa ii ajut pe colegii care n-au timp sa citeasca tot. Asa se foloseste pe forum daca bine inteleg. Bold nu e totuna cu majuscule in netiquette

Cat despre siguranta, ton, culoare: daca nu-ti place cum scriu, nu citi, vorba colegului rocklee.

In romania metodologia de testare e cam aceasi. contacti. poti sa "nimeresti mai bine" din cand in cand. dar vad ca esti om cu graficele la el. putem face diferenta intre nimereala/exceptie si un trend pe 7 saptamani consecutive?

Auoleu, pai numai faza cu plecatul in Grecia a fost o schimbare majora.

Da, sunt cu graficele la mine si vad clar ca trendul cazurilor confirmate urmeaza trendul testelor, si nu este un predictor pentru decese de exemplu. De la infectie la deces ai in medie 4 saptamani (dar din ce-mi povestesc medicii ATI se duc mult mai repede, mai ales cei intubati), macar o parte din super cresterea aia se vedea deja in decese. Or decesele nu cresc pe panta cazurilor confirmate. Fereasca sfantul!

Si pana una-alta in cateva saptamani vom sti care din noi are dreptate, n-are niciun sens sa discutam acum. Tu spui parerea ta, eu o spun pe-a mea si ne respectam, crezi ca reusesti?

Daca ne uitam la perioada 25 mai- 12 iulie ( adica 49 de zile) vei observa ca numarul mediu de teste zilnice este de 10000 (in usoara crestere se la 10100 media in prima sapt a intervalului la 11000 in ultima.

Atat timp cat testele nu sunt randomizate in populatie, orice calcul savant pe nr de cazuri confirmate nu isi are rostul. Cauta pe fb Octavian P Jurma. Un efort laudabil dar... pe date absolut incerte.

Testele sunt extrem de utile pentru anchete epidemiologice. Dar testarea de-a valma in populatie, ca sa ne linistim sau ca plecam in vacanta, adica auto-selectie, nu prea are cum sa ajute decat pe indivizii respectivi. Nu pe publicul care vrea sa inteleaga evolutia epidemiei.

"Copiii cu vârste de peste zece ani pot transmite coronavirusul la fel de mult ca adulţii, arată un studiu efectuat de cercetători din Coreea de Sud, informează cotidianul The New York Times. Studiul, care a implicat aproape 65.000 de oameni, sugerează că redeschiderea școlilor va aduce după sine mai multe focare de infecții."

Bine noi avem un mega studiu cu un milion de copii timp de 4 luni. Beat that.

Am mai spus asta: "pot transmite" este diferit de "transmit like hell, thousands of transmissons, in huge viral loads". Ca pruncii nu prea au viral load..

Suedezii au hotarat sa tina scolile deschise pe baza datelor din Coreea de Sud. Si cand au hotarat asta ne-au spus "nu exista transmisie de la copil la adult". Ceea ce am scris aici si dupa 4 luni vad ca da, in general, in mare, au avut dreptate. Si daca pt gripa unde stim sigur ca e transmisie *masiva* copil-adult nu inchidem scoli, nu avem niciun motiv sa inchidem pt covid.

Coreeni care apropo au scolile deschise din cate stiu (o fi vacanta acum), le-au inchis numai in focare.

https://www.dw.com/en/south-korea-opens-schools-despite-coronavirus-resurgence/g-53696009

Normal ca daca ai lockdown sau scoli inchise, si politicienii au an electoral si inchid tot ce pot, de frica, cauti studii sa-ti confirme ca faci bine. Si ignori mega-studiul suedez. Alegem ce ne convine.

Nivelul de comunicare intre oamenii de stiinta din difetite tari este rusinos de scazut in criza asta. Sa ii etichetezi pe suedezi ca "ciudati" numai pt ca le-au murit 2000+ batrani in centre de ingrijire cu speranta de viata 1 an, si sa ignori succesele lor in materie de scoli, no-lockdown, no-mask si alte masuri sustenabile, e tunnel vision academic in stare pura.

[dr4qul4]

tu compari mortalitatea unei boli pentru care exista vaccin cu una total noua, care implicit este mult mai contagioasa.
Gripa nu gaseste gazde, astfel ca mortalitatea de 0,1%, inseamna, in cifre absolute, mult mai putin decat cea de 0,26 (date care par manipulate dupa cum se pare din acel link pus de frunzaverde).
In 7 luni avem 600.000 de morti confirmati in lume. Oare de gripa cati au fost? repet, vreau cifre absolute, nu procente "ajustate". Si sa fie tot de anul acesta, ca sa fie comparatia reala (conditii speciale de lockdown)

[voicul]

US are cam 30 - 60 de mii pe an - morti de gripa 2019 - 2020

https://www.health.com/condition/cold-flu-sinus/how-many-people-die-of-the-flu-every-year

Un numar mai exact - vorba vine: 56000
https://www.webmd.com/cold-and-flu/qa/how-many-people-die-from-the-flu-each-year-and-how-is-it-prevented

[cristi5]

@dr4qul4 600k morti din cate infectii? Asta-i problema, nimeni nu stie numarul real de infectii. Pentru ca asimptomatici, pre-simtomatici, slab-simptomatici, etc etc.

Dar putem cadea de acord pe IFR la 0,6% cum spun mai multe surse pe datele *initiale* ale epidemiei. Si epidemiologii care vorbesc cat de cat despre istorie (nu ca si cum asta ar fi prima epidemie ever) zic ca IFR estimat initial este mai mare decat cel real.

Hai sa vedem IFR calculat dupa un an.

Nu de alta dar in Suedia gasim in continuare sute de cazuri pe zi iar numarul de morti pe zi e deja la jumatate fata de nivelul din Romania. In general epidemia suedeza (pe cazuri grave si decese) s-a prabusit si toti campionii lockdown-ului nu inteleg de ce. Pe masura ce virusul intra in populatia tanara si rezistenta, IFRul ar trebui sa scada. Pana unde, vom vedea.

[cristi5]

O re-infectare in Israel, la un medic care a fost bolnav in aprilie. Vedem daca se confirma

https://www.timesofisrael.com/israeli-doctor-diagnosed-with-virus-after-apparently-recovering-from-covid-19/

[dr4qul4]

Am impresia ca te faci ca nu stii ce sunt alea cifre absolute. Cat timp numarul de infectari (atat covid cat si gripa) NU poate fi calcualt, nu intereseaza pe nimeni procentele aruncate de tine.
Tot ce intereseaza este numarul de morti, pentru ca este una din putinele cifre cu marja de eroare acceptabila. Cealalta este numarul de intrari in ATI, dar si acolo marja de eroare este destul de mare.
US. 56000 de morti de gripa intr-un an.
143.000 de morti de Covid in 4 luni (pt ca pe ei i-a lovit mai tarziu si la jumatatea lui Martie erau la inceput). In conditii de lockdown (sau cel putin masuri restrictive).

[cristi5]

https://www.antena3.ro/actualitate/prof-dr-bubenek-577794.html

Cateva cifre despre infrastructura ATI din Romania.

- 2800 de paturi ATI, din care 1400 echipate cu ventilator
- 2100 de ventilatoare vor fi functionale in septembrie
- 1100 anestezisti (aceeasi cifra ca in 2005). 5 anestezisti la mia de locuitori fata de 20 in vestul Europei. Exodul specialistilor, etc. Specialitatea e neglijata la angajare fata de altele (chirurgi etc)

In ultimele 8 minute arata o statistica detaliata a tuturor internatilor ATI cu covid-19. 1840 de pacienti covid trecuti prin ATI. 10-15% intubati si ventilati mecanic. 45,5% mortalitate fata de media globala de 42%. 35% externat, 20% inca in sectiile ATI.

Foarte putini au primit Remdesivir (10 pacienti)

1220 total paturi ocupate ATI acum. Jumatate din paturile cu ventilator sunt ocupate (si putine din ele de covid). Prin mijlocul lunii octombrie se estimeaza "full". Evolutia Bucurestiului e alarmanta, creste nr de pacienti.

[cristi5]

@TibiV estimez numarul real de infectii a fost la peste 5000 pe zi acum 1-2 saptamani. Deci 700-900 cat gasesc ei acum este "alune".

Imi pare rau, calculele (si tentativele mele de modelare) erau gresite, prin prisma a ce am invatat din materialul de mai sus despre ATI. Am marcat mesajul "de sters".

Din moment ce la ATI au fost 1840 de pacienti si 45,5% au decedat, rezulta ca in ATI au decedat 837 de oameni din totalul de 2026 decese. Adica doar 41% din decese au survenit in ATI. Si fireste ca procentul nu e constant deci nu putem face nicio presupunere despre intrarile ATI pe baza nr de decese din ziua respectiva! In plus, doar 35% din pacientii ATI s-au externat, 20% sunt inca internati. Dar 20% din 1840 inseamna 368 (chiar se vede pe ecran)! Mult mai mult decat cifra raportata de 280+. Ciudat.

Vedem daca putem afla mai multe date de la Societatea Romana de ATI https://www.srati.ro/ , Prof. Bubenek prezinta o baza de date destul de sofisticata.

[nicolaem]

Auoleu, pai numai faza cu plecatul in Grecia a fost o schimbare majora.

Si pana una-alta in cateva saptamani vom sti care din noi are dreptate

Schimbarea cu Grecia nu este vizibila in intervalul de 7 saptamani dat de mine. Metodologia in Mai Iunie a fost aceasi. Intradevar din Iulie probabil ca avem cateva sute (mii ?)  de teste zilnice facute la cerere pt cei care merg in concediu.
Eu nu neg ca in mare parte ai dreptate in ce ai zis. Repet singura mea problema e ca insisti ca nr de infectii detectate nu spune nimic. Daca graficul de mai jos nu iti spune chiar nimic, fie, e opinia ta.

[voicul]

OMS: Un vaccin anti-COVID ar putea fi distribuit la jumătatea anului 2021

OMS efectuează teste clinice pentru 20 de vaccinuri anti-COVID, iar șansele sunt ca la mijlocul anului 2021 să poată fi distribuit cel puțin unul, potrivit coordonatoarei ştiinţifice a Organizaţiei Mondiale a Sănătăţii (OMS), Soumya Swaminathan. Aceasta spune, într-un interviu pentru dpa, că cercetările pentru descifrarea genomului coronavirusului au început în ianuarie, iar în şapte luni s-au făcut mari progrese.


https://www.agerpres.ro/mondorama/2020/07/20/un-vaccin-pentru-covid-19-ar-putea-fi-distribuit-la-jumatatea-lui-2021-coordonatoarea-stiintifica-a-oms--542755

[cristi5]

Eu nu neg ca in mare parte ai dreptate in ce ai zis. Repet singura mea problema e ca insisti ca nr de infectii detectate nu spune nimic. Daca graficul de mai jos nu iti spune chiar nimic, fie, e opinia ta.

Testele sunt foarte importante pt ca prin contactele celui infectat poti controla epidemia.
Numarul de cazuri noi e foarte bun pt ca face populatia sa constientizeze amploarea epidemiei.

Dar:

Numarul de cazuri confirmate nu spune exact *cat* creste epidemia pentru ca se descopera un procentaj *mic* (MIT a calculat acea medie 1 din 12 adica 8%) din cazurile reale, si *variabil*: azi e 8% maine e 5% poimaine 13%. 

In graficul de mai jos, arat (inca odata) ca numarul de cazuri noi nu prezice/nu indica de exemplu:
- numarul real de infectii (!)
- cate internari vor fi pe zi, de cate paturi de spital va fi nevoie
- cate internari vor fi in ATI pe zi, de cate paturi ATI va fi nevoie
- numarul de morti pe zi

Cu alte cuvinte cautam un indicator pe care-l putem masura si care e proportional, cu cateva zile inainte, cu valorile de mai sus, care la randul lor sunt aprox proportionale cu numarul de infectii noi pe zi (cu cateva saptamani inainte).  Vor fi in acest spreadsheet datele la zi (din JSON publicat de graphs.ro) pt cine vrea sa faca analize.

Cu negru am reprezentat mortii, medie mobila pe 7 zile.  Cu portocaliu cazuri confirmate impartit la 7 sa fie comparabile valorile (din moment ce cautam proportionalitati, scalarea valorilor nu e o problema). Eu interpretez ca portocaliu prezice negru pana prin 1 iunie cand o ia la deal. Si portocaliu dupa aia e mai degraba corelat cu albastru (numarul de teste/100). Adica poezia populista "testam mai mult, gasim mai multe cazuri" e adevarata. Dar asta nu inseamna ca epidemia nu creste!

Numarul de paturi ocupate ATI (rosu) chiar daca nu sunt date primare (e o combinatie de internari, externari si decese in ATI) e mai bine corelat cu negrul, pe toata perioada. Cresterea din ultimele zile prezice probabil o urcare a negrului. Vom vedea zilele urmatoare.

Alarmant aici e ca nu mai sunt corectii in jos la paturi ocupate ATI cum au tot fost. Urca in fiecare zi.  LE: a urcat si azi cu 7, la 293, record absolut.




Deci ATI e un predictor bun si intrarile ATI ar fi si mai bun. Dar n-avem.

Tragedia aici e ca nu avem date! Ca societate civila ar trebui in primul rand sa luptam sa primim date. In ordine cronologica:

- cazuri noi pe zi: avem dar stim ca se descopera azi un caz din 10 maine un caz din 14. Date incerte.
- cazuri active: avem dar extrem de incerte (Hotnews a gasit multe greseli)
- internari noi pe zi de cazuri serioase (care necesita cu adevarat spitalizare) : nu avem. Ar fi un predictor bunicel cred, si vin mai devreme decat internari ATI
- internari active: nu avem. Ministerul Sanatatii le are dar nu le publica. Le are pe judet, cu asimptomatici separati. Hotnews a publicat o zi. Dar sunt sute de zile...
- internari ATI noi pe zi: nu avem, foarte probabil ca le are SRATI
- internari ATI active: avem dar nu pe judet, dar sunt acel amestec de internari, externari si decese ATI.
- decese noi: avem

Si daca nu avem date, facem calcule pe datele incerte pe care le avem. De exemplul raportul cazuri / teste (cu gri in partea de jos, si media mobila cu caramiziu). E impartirea un numar incert (ca nu stim cate din infectarile reale au fost detectate) la alt numar incert (ca nu stim cat se va testa maine in judetul X). Curba aia e greu de interpretat. Am inmultit cu 4 (ceea ce pt un raport nu e chiar ok) si tot nu vad mare lucru. Creste liniar in medie pe 7 zile dar toate inflexiunile care se vad la curba de decese sau ATI nu exista aici...

Revenind la "cazurile noi":  cred ca ele vor prezice tot mai prost epidemia! Se schimba capacitatea si interestul pt testare, numarul real de infectari  se dubleaza odata la cateva saptamani. Totul variaza. Go figure.

Powered by API/PUM imgur uploader

[frunzaverde]

@cristi5 - prin definitie, IFR-ul nu poate fi schimbat de cine este infectat la un moment dat sau altul - pentru ca prin definitie, se calculeaza raportat la o populatie sau un esantion tinta ales a priori. IFR-ul este un parametru exclusiv al bolii, nu al populatiei. Da, este un parametru care poate depinde de grupe de varste, co-morbiditati etc. dar este un parametru static in raport cu ele (un scalar).

Nu scade si nu creste pe masura ce gazdele devin tot mai tinere, cel mult este estimata pentru diverse grupe de populatie; estimarea este stratificata pe populatia din tara unde se estimeaza. Si IFR-ul e intotdeauna o estimare, pentru ca numarul total de infectii este estimat. IFR-ul se citeste asa: "daca X este infectat, care X poate fi ori "cetatean normal", or un subset al populatiei (de exemplu barbat de 29.5 ani), probabilitatea Pr(X) de deceda este estimata la y". Singurul mod in care IFR-ul poate sa scada este prin descoperirea de tratamente sau vaccinuri. De exemplu, la turbare/rabie, IFR-ul este de 100% fara tratament profilactic post-expunere (faimoasele 10 injectii in burta). Te musca cainele turbat in evul mediu, mureai garantat. Cu vaccin, IFR-ul a fost scazut la <0.2%.

Ce poate scadea sau creste este CFR-ul, adica rata de deces in functie de cazurile cunoscute la un moment dat (care depind de doi factori: 1. cine e infectat intr-un moment dat, si 2. cine e detectat - politica de testare etc. etc.). CFR-ul in Suedia a scazut semnificativ, de la peste 20% (in aprilie) la sub 2% (saptamana trecuta) pe masura ce Suedia si-a schimbat complet politica de testare. Daca in aprilie SE "captura" 1 caz din 40, acum captureaza 1 caz din 3-4.

De altfel, estimarile de IFR pentru COVID s-au "grupat" tot mai mult in jurul valorii 0.6-0.7%. WHO, CDC/NIH, ECDC, FHM-ul suedez, chiar si DSP-ul romanesc au ajuns la valori similare din surse mult diferite. E 0.6% pe distributii populationare similare cu "vestul Europei" (ceea ce Romania si Suedia corespund) si standard de ingrijire similar cu vestul Europei (ceea ce si Romania si Suedia pot oferi, si au oferit; cu anumite probleme la ambele tari, legate de acces in principiu, probleme "naturale" pana la urma).

Pe urma, @cristi, nu inteleg cum ai calculat ca numarul de morti pe zi in Suedia este la jumatate fata de cel din Romania - mie imi ies, pe cap de locuitor, la aproape duble (bineinteles, in medie mobila; raportarile in RO sunt in timp real, in SE sunt intarziate cu 0-15 zile, asa ca orice comparatie e in medie mobila). Vineri SE a raportat 26 decese, spre exemplu.