Infrastructura sub presiunea situatiilor de urgenta

[voicul]

Apropo de comparatii intre gripa si Covid.
Tineti cont intr-un caz ne-am ferit (Covid) si in altul viata continua normal (gripa).

In articol zice CDC ca sunt intre 29.000 - 59.000 de morti pana in martie - eu inteleg din octombrie pana in martie.
Covid acum in US - 108.000.

This Is How Many People Die From the Flu Each Year, According to the CDC

https://www.health.com/condition/cold-flu-sinus/how-many-people-die-of-the-flu-every-year

[frunzaverde]

@cristi5 - in ce fel a acoperit doamna profesoara problema NYC?

Esti inginer, asa ca s-o luam inginereste. IFR inseamna ca: daca te infectezi cu virusul, riscul sa mori este de x. Doamna zice ca x este de 0.01 - 0.1. In NYC avem cel putin 0.2, asta daca tot orasul (100%) s-a infectat; ceea ce nu e cazul, ca daca s-ar fi infectat toti, ar fi stins epidemia complet. Ce explicatii ar putea exista pentru mortalitatea asta? Explica-mi si mie, ca vreau sa inteleg cum gandesti si cum gandeste doamna!

[oc7avian]

Aici este modelul pe care încearcă să-l cerceteze: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.24.20042291v1.full.pdf+html
Încă nu a fost confirmat de restul cercetătorilor.

Aici cineva a încercat să explice un pic:  https://twitter.com/jameshay218/status/1242935853971910656

Din ce am înțeles privind în mare, ei au aplicat modelul pe datele din UK și Italia să vadă dacă modelul se confirmă. Nu au încercat să spună că valoarea variabilelor este constantă în lume. Dar mi s-a părut ciudată declarația că lockdown-ul a fost inutil în UK

[cristi5]

@voicul multe epidemii au initial o rata mare de mortalitate si se masoara initial IFRuri uriase (si intra cu ele in istorie, cum a fost gripa spaniola care conform lui Levitt, laureat Nobel, a avut mai putine victime decat s-a estimat atunci). Pentru ca nimeni nu are niciun fel de imunitate.  Toti sunt "curiosi" sa ia virusul. Ma rog, e mai complicat pt ca la gripa sunt multe variante etc.

Plus ca la un virus nou, sistemul medical din US nu face fata pe alocuri.  E un sistem sanitar extrem de prost pentru cei saraci, care-s loviti cel mai rau de epidemie, printre altele pt ca locuiesc batranii cu copiii lor etc. Eu sunt surprins ca NHS in UK a  facut fata. Deci mai sunt urme de socialism pe-acolo...

----
@frunzaverde: din cate inteleg eu din ce zice Gupta, problema NYC se explica asa: lumea nu e formata din NYCuri. Ca e prea inghesuit si prea multe famiii sarace multi-generationale. Adica exact ce "vrea" virusul. Pe scurt, nu poti generaliza mortalitatea masurata in NYC. Tu fiind pro-lockdown, pro hammer-dance (vezi living in a paradigm mai jos) esti gata sa citesti in datele NYC ceva ce-ti intareste tie convingerile, dar daca iei un pic de distanta sper ca o sa vezi ca e totusi rezonabil ce zice ea. Cel putin demn de luat in seama.

----

Tocmai pentru c-am studiat filozofia stiintei si o studiez aproape anual cu doctoranzii mei, stiu ca oamenii pot gandi gresit secole de-a randul. Gen, pamantul e plat.  Si chiar cand biserica catolica ne obliga sa credem in Sfantul Lockdown pe stil Wuhan, e important sa ascultam si alte opinii. Ca uneori credem ca vedem efectele lockdown-ului si poate vedem efectele imunitatii etc. Si ca e nevoie de oameni curajosi, destepti si persuasivi ca Galileo care sa se lupte cu establishment-ul. Stiu de la Thomas Kuhn ca oamenii pot trai in paradigme diferite si sa nu se inteleaga nicicum dintr-o paradigma intr-alta (cum e asta cu lockdown si anti-lockdown). E foarte interesant sa traiesc in  alta paradigma decat tine, nu credeam ca vom ajunge aici

Si ca educator inteleg ca pedagogia in care se preda la scoala o singura Alternativa si toata lumea trebuie sa creada in Ea si sa o recite pe de rost, acopera numai primul nivel al invatarii in taxonomia Bloom, cu mult noroc, in cateva cazuri, si pe al doilea.

Metoda stiintifica (care domina azi medicina cu falsificationismul lui Popper) nu e singurul mod de a face cercetare si are multe dezavantaje. Vedem la epidemiologie: ca sa controlezi un tratament, ai raspunderea vietilor a mii de oameni. Si Tegnell o fi facut multe greseli dar cu "tratamentul scolilor" a nimerit-o asa de bine ca eu cred ca isi are asigurat respectul comunitatii stiintifice pt multi ani. Azi l-au intrebat ziaristii daca ar fi schimbat ceva si a zis (printre altele gen camine de batrani, mai multe teste) "as fi lasat deschise si liceele, nu numai scolile, ca vad ca inchiderea liceelor n-a avut niciun efect" (sunt curios cum a masurat asta). Sigur, greu de inteles din pardigma lockdown, ceea ce vedem foarte bine pe acest topic.

Si inteleg ca din paradigma lockdown vezi fiecare greseala si slabiciune a FHM si zici "yessss" la fiecare articol de ziar nefavorabil FHM, la fiecare inchidere de granita etc. Dar eu n-as sari la concluzii, cum se zice la mine-n sat.

Si ca sa explic si partea cu practicienii: pana una-alta Tegnell a facut practica cu epidemii in Laos de exemplu, a trait mare parte din viata lui in lumea a treia, a vazut multe. Nu e un birocrat de capitala.

[nicolaem]

  deci Tegnel = Galileo

[cristi5]

Mda n-as raspunde la ironia asta dar de fapt e interesant de reflectat un pic.

Galileo cerceta fizica, si aia e aceeasi si azi, si maine. Usor de controlat. Te urci in turnul din Pisa, arunci niste obiecte de greutati diferite, cad la fel de repede, maine incerci acelasi experiment, merge, poimaine chemi episcopii sa le arati si lor.

Sociologii si epidemiologii studiaza grupuri mari de oameni. Mult mai greu de controlat, mult mai greu de aplicat metoda stiintifica etc. Sigur ca virusul are mecanisme clare de raspandire care sunt cam aceleasi pe toate rasele si continentele. Atata ca nimeni nu le intelege intru totul.

Si nu-i de-ajuns sa intelegi doar virologie si imunologie, trebuie sa intelegi si cum functioneaza oamenii ca individ (psiho) si ca grup (socio). Trebuie sa intelegi si cum functioneaza economia. Sa intelegi ce e o masura sustenabila pe termen lung din pdv al practicii de zi cu zi, economic, mediu etc.

Deci nu e Galileo (mai ales ca nu e singur, ci un grup). Dar curaj a avut, si din cate vad, mai are. Sigur, e mult mai spasit ca acum 2-3 saptamani. Curba e plana dar foarte lunga (nu ca suedezul de rand care nu lucreaza in sistemul medical ar fi deranjat de asta), masuratorile de anticorpi n-au iesit cum spera (dar mai incearca) etc.

[dr4qul4]

Nu am prea mai citit acest topic. Mi-am spus ideile si am preferat sa stau pe margine. In plus, am fost destul de ocupat.
Totusi, pentru ca mi-ai pomenit nickname-ul, ma simt obligat sa-ti raspund.
Nu contest ca rata de mortalitate a Sars-Cov-2 e de 0.1%.
Insa comparatia ta cu gripa tot nu iese. Nu poti numara diferit. Marea majoritate a celor care au gripa obisnuita, nu sunt contabilizati. Nu au simptome (sau se trateaza acasa, eventual cu tuica fiarta), asadar, nu sunt trecuti ca avand gripa.

De gripa obisnuita, in Europa mor 60.000 de oameni anual. De Sars-Cov-2 au murit pana acum 176.000 (Probabil cifra e mai mare, judecand dupa articolul "missing death din NYTimes"). Dar hai sa zicem ca ajungem la 240.000 de morti intr-un an.
Asadar, ori Covidul e de 4 ori mai contagios (in conditii de lockdown), ori are o rata de mortalitate de 4 ori mai mare.

[cristi5]

^ @dr4qul4
mortalitatea e de x% din numarul de cazuri. Explicatia celor care studiaza evolutia imunitatii, ca Gupta sau Levitt (sau chiar Streeck) ar fi ca la gripa sunt mai putine cazuri. Se transmite mai greu decat covid pt ca exista imunitate in populatie. La covid suntem toti receptivi, ca n-a avut nimeni. Daca citesc bine, un sezon de gripa poate atinge 20% din populatie (deci max, in anii "rai"). La Suceava au facut 20% (conform Medlife) in cateva saptamani.

Imunitatea la covid e estimata la minim un sezon, dar anticorpi raman in populatie (prin rotatie) asa ca probabil in sezonul urmator virusul va gasi mai putine gazde etc.

[dr4qul4]

@cristi5, mie imi plac cifrele exacte. Numarul de infectati (de gripa sau covid) nu este real. Nu-i numara nimeni si estimarile sunt ca sondajele: conteaza cine plateste.
In schimb numarul de morti este mult mai apropiat de realitate. In primul rand pentru ca este tragic si mai apoi pentru ca este mai mic si mai usor de numarat.
Anul trecut in Suedia au murit 505 persoane de gripa. Covid a omorat 4500+ in 5 luni.
Eu tind sa cred ca, fara lockdown, in Europa am fi avut 60.000X 9 = 540.000 de morti in loc de 175.000. In 5 luni de zile. Dupa care mortalitatea s-ar fi apropiat de cea de la gripa, dar tot ar fi fost mai mare; pentru gripa (a si b) avem vaccin.
Da, cand vom avea vaccin, mortalitatea va fi comparabila.
Dar 400.000 de morti in plus chiar nu conteaza? Or fi ei batrani, dar vorbim de parintii si bunicii nostrii.

[voicul]

Vedem si cu imunitatea de grup daca e buna, asta pentru ca am inteles ca pana acum au fost 70 de mutatii din China pana in Europa.
Trebuie vaccin, chiar si mai bine tratament.

De asemnea ce nu se ia in considerare e ca Covid-ul e foarte agresiv asupra plamanilor (cam ramai fara), ceea ce gripa nu stiu sa faca. Adica e posibil ca in urmatorii 2 - 3 ani, din cei vindecati, unii sa moara din "cauze naturale".

[TibiV]

Nu ma mai bag in discutie, Cristi5 este coplesit si fara mine...

Vreau doar sa va reamintesc termenii - desi sunt sunt convins ca marea majoritate ii cunosteti...
- SARS-CoV-2 este "animalul", "ala mikul", etc...
- Covid-19 este boala. Corona Virus Disease 2019

Deci, dpdv tehnic, poti fi infectat cu SARS-CoV-2, dar sa nu te imbolnvesti de Covid-19. Adica sa fii bine-mersi, astfel spus asimptomatic... Dar inca nu a demonstrat nimeni ca nu poti infecta pe altii, mai putin rezistenti (sau norocosi)...

[cristi5]

@dr4qul4
Explicatia 1. Gripa e clar sub-raportata, dar ne putem uita la mortalitatea in exces de la sezonul greu de gripa din 1993 sau 2000. In acesti ani, gripa a omorat mai multi oameni intr-o luna in Suedia decat covid in aprilie 2020! (raportat la populatia de atunci). Cifre exacte.

https://medium.com/@emanuelkarlsten/more-swedes-died-in-one-month-1993-and-2000-compared-to-april-2020-why-25b762d03a1f

Explicatia 2 este in continuare ca nimeni n-are imunitate deci sunt mai multe cazuri in acest prim sezon covid decat intr-un sezon de gripa.  Plus ca la gripa mai sunt cat de cat tratamente cunoscute etc.

@TibiV uite un studiu despre asimptomatici, concluzia e ca nu prea transmit (adica exact ce spune Tegnell inca din martie). Au urmarit 455 contacte ale unui asimptomatic, nu a luat niciunul!!

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32405162/

Conclusion: In summary, all the 455 contacts were excluded from SARS-CoV-2 infection and we conclude that the infectivity of some asymptomatic SARS-CoV-2 carriers might be weak.

Problema e ca multi sunt considerati initial asimptomatici dar daca-i iei la bani marunti de fapt au ceva simptome.

@TibiV iar suntem in patria lui "ca si". Chiar nu cred ca conteaza termenul folosit atata timp cat stim la ce ne referim. Promit ca daca mai apare un virus sau o boala o sa precizez. Deocamdata ne ajung astea doua.

@voicul: eu n-am auzit de mutatii dar din cate inteleg, ele afecteaza si un eventual vaccin!

[frunzaverde]

@cristi5 - nu inteleg argumentul lui Gupta, tocmai asta e. Pentru mine, care lucreaza cu modele epidemiologice de predictie, nu are sens ce spune. Deloc. Si imi inchipui ca a fost citata prost, sau a vrut sa spuna altceva...

Avem 3 indicatori epidemiologici legati de mortalitate:

1. Mortalitate in populatie (se noteaza M sau Mo) - din toata populatia (unui judet, oras, tara etc.) ce proportie mor in total, indiferent daca au fost sau nu infectati de boala, deci Decese / Populatia totala.  Deci aici se includ cei care au ramas sanatosi, cei imuni, tot, tot, tot. In Romania, e pur si simplu numarul total de morti impartit la 21 milioane de locuitori. Asta e Mo.

2. Rata de mortalitate la infectie (IFR) - din toti bolnavii, identificati sau neidentificati, ce proportie mor, deci Decese / Infectati. Daca 100% din populatie s-a imbolnavit, IFR este egal cu Mo, altfel, IFR > Mo (pentru ca unii din populatie nu se vor imbolnavi). Cum IFR implica in general numararea bolnavilor neidentificati prin testare, este intotdeauna o estimare. IFR nu poate fi sub Mo, pentru ca numaratorul este acelasi, numitorul este diferit, si nu pot sa se imbolnaveasca mai multi decat locuiesc.

3. Rata de mortalitate pe caz (CFR) - dintre cazurile identificate pozitiv, cati mor de boala - dintre bolnavii identificati cu teste, ce proportie mor. Deci Decese / Bolnavi Total. Daca 100% din bolnavi au fost identificati, IFR este egal cu CFR, altfel CFR > IFR > Mo.

Prof. Gupta ne spune ca IFR apartine domeniului [0.01; 0.1]. Dar avem un caz in care Mo > 0.2 (si inca nu s-a terminat). Cum putem explica asta? Pai nu putem, pentru ca regulile de calcul nu se schimba. Mo trebuie, prin definitie, sa fie mai mic decat IFR, pentru ca are acelasi numarator (morti), dar numitorul egal sau mai mare.

Densitatea nu are cum sa fie o problema - IFR/CFR nu au nici o legatura cu densitatea populatiei. Daca mortalitatea la infectie e 0.1% pentru ca boala e de natura asta, atunci fie ca se imbolnavesc 100, 1000, 100000 sau toti cei 7 miliarde, tot 0.1% din bolnavi vor muri, ca e o rata procentuala, nu o cifra absoluta. Si pentru IFR/CFR tot ce depinde e natura bolii.

Calitatea serviciilor sanitare poate fi o posibilitate (pentru ca creste CFR-ul, deci impinge in sus si IFR-ul si Mo-ul - oameni mor degeaba pentru ca n-au acces la spitale sau calitatea lor e proasta). Sa-i zicem ipoteza H1 : Prof. de la Oxford are dreptate pentru ca spitalele in NYC nu au facut fata. Doar ca NYC nu e Kinshasa; NYC are unele din cele mai bune spitale de pe Pamant, cu unii din cei mai buni medici de pe Pamant. Sistemul nu a crapat, din contra; au acceptat in ATI persoane care in Italia sau Spania sau Suedia nu ar fi fost primita; varsta mediana la intrarea in ATI a fost 69, vs. 61 in Suedia si 60 in Franta - adica batrani de 80+ primeau o sansa, ceea ce in Suedia rareori spre deloc primesc (uneori nici macar internare in spital clasic n-au primit). Si pe urma, cum nu exista tratament decat de tip suportiv, diferentele de calitate ale spitalelor nu par a face mare diferenta decat in putine cazuri, prea putine sa conteze la statistica. Deci ipoteza cu spitalele in NYC nu prea tine "apa".

Mai mult, boala asta stim ca e stratificata demografic. Cu cat populatia mediana intr-un loc este mai tanara, cu atat mai jos va fi IFR-ul si prin urmare Mo-ul. Deci, putem furniza ipoteza H2: Doamna prof. a considerat o populatie mai tanara pentru modelul ei de IFR decat cea din NYC. Posibil; problema e ca e irelevant pentru noi. Da, la nivel global, varsta mediana a populatiei este sub NYC; dar pentru noi nu conteaza. In tarile noastre, varsta mediana este PESTE NYC. In NYC este 35 de ani, in Europa de Vest, este undeva la 40 ani in medie. Deci ne putem astepta la un IFR stratificat demografic MAI MARE in Europa. Bineinteles, in Sudanul de Sud, unde varstele mediane vor fi mult mai mici, practic nu vor avea mortalitate, pentru ca boala nu omoara decat in masura foarte, foarte mica, tineri.

Deci, nu, lumea nu e formata din NYC-uri. De acord. Dar NYC-ul ne arata, tocmai pentru ca epidemia a bubuit, nivelul MINIM de mortalitate a bolii in sine, lasata "liber".

Despre stiinte sociale : Epistemologia stiintelor sociale este mai complicata decat cea a stiintelor naturale, putem discuta 1000 de ani despre pozitivism si post-pozitivism si alte d-astea. Dar in cazul asta este relativ clar : exista un scop, care e simplu, si se poate folosi ca variabila dependenta : minimizarea numarului de morti. Asta e scopul epidemiologilor dintotdeauna. Si poti aplica o tehnica clasica a stiintelor sociale numita metoda comparativa (sau metoda lui Mill) pentru a evalua rezultatele in baza benchmarkului. Epidemiologie post-structuralisto-post-moderna, unde discutam de paradigme si narative, si nimeni n-are dreptate, ca totul e subiectiv, eu unul nu doresc. Viata mea si a apropiatilor mei nu e "narativ subiectiv" si nici "paradigma" precum in teoriile post-structuraliste ale lui Kuhn sau Leotard. Vorbim de chestii masurabile.

Si da, stiintele sociale sunt imprecise. Dar avem unelte (in setul nostru de unelte stiintifice) pentru a evalua imprecizia si elimina bias-urile. Si situatia curenta este una din ele - avem un grup experimental ("Lockdown") si un grup de control ("Suedia"), putem compara rezultatele. Si rezultatele, pana acum, sunt excelente pentru Lockdown, si groaznice pentru control. Cum experimentul asta nu a fost niciodata autorizat, si e rezultatul unor decizii politice a-priori, se numeste experiment natural. Care ar trebui intrerupt imediat prin decizie politica, pentru ca rezultatele sunt groaznice.

Despre scoli - pe ce te bazezi?. Nu exista vreo forma de tracing epidemiologic in Suedia la nivel de scoli! Daca au aparut infectii elev -> profesor sau parinte/profesor -> elev -> elev -> parinte/profesor, singurul loc unde s-ar vedea ar fi cand vreunul din ei ajunge sa fie testat. Cum nivelul de teste este foarte mic, si majoritatea parintilor in scoli sunt in grupele de varsta 30-50, ne vom astepta ca numarul de parinti care ajung atat de bolnavi incat sa fie testati pe metodologia suedeza, sa fie foarte, foarte, foarte mic. Atat de mic, incat sa fie imposibil sa tragi vreo concluzie valida statistic. Chiar daca scoala a fost mecanismul primar de raspandire. Vei vedea clusteruri aparand la 1-2 legaturi distanta (parinti imbolnaviti in scoli care au dat-o mai departe grupului lor), dar cum tracingul epidemiologic in Suedia e foarte limitat, probabilitatea de a identifica scoala ca sursa nu exista. Nu zic ca Tegnell in asta are sau nu are dreptate; pur si simplu nu stim. Daca se facea tracing epidemiologic serios si testare de masa, alta era situatia.

Later edit: A existat cel putin un focar de infectie intr-o scoala in Suedia, cu 18/76 din personal infectati  si 1 deces : https://www.lararen.se/nyheter/coronaviruset/larare-dod-testades-positivt-for-coronasmitta

Cat despre imunitate : nimeni, dar absolut nimeni nu stie cat dureaza, daca dureaza, si in ce fel se manifesta. Aia cu un sezon e ghiceala penibila de-a lui Gieseke. Nu va afla nimeni pana cand vom / nu vom vedea reinfectari.

P.S. Pe langa astea trei, mai exista un instrument numit mortalitate excesiva. Uneori nu stim nici macar numaratorul (cati au murit), ca nu numaram ca lumea pe cei care-au murit, ca nu avem resurse sa inregistram mortii, sau ca nu putem sa testam nici macar tot ce moare. Caz in care putem folosi o variabila instrumentala : in loc sa folosim mortalitatea de boala X, folosim mortalitatea totala, din care scadem mortalitatea normala ciclica, si vedem cati au murit in plus fata de "normal". Instrumentul este (relativ) precis in tarile care masoara bine evidenta populatiei - adica toata Europa de Vest. Reteaua EuroMoMo, de care v-am mai zis, calculeaza instrumentul asta.

P.P.S. Nu sunt epidemiolog, dar sunt al naibii de aproape de munca respectiva, si am interactionat si interactionez cu epidemiologi in munca mea. Slujba mea de zi este sa folosesc metode statistice si de machine learning (inclusiv dinamice, de tipul SIR/ESIR) pentru a prognoza (spatial si temporal) morti in conflicte armate. Inainte de asta am gestionat un proiect care masura fatalitatea in conflicte armate (inclusiv folosind masurile de mai sus). Predau statistica, aplicata exact pe stiinte sociale care se ocupa cu mortalitate, pana la nivel de masteranzi avansati. Nu sunt "epidemiolog cu hobby". Asta ca sa nu iasa discutii dubioase de genul "hobby epidemiolog".

[dr4qul4]

Cu informatiile de acum, cred ca putem cadea de acord ca masurile puteau fi putin diferite.
Am vazut (daca ZF.ro citand bloomberg e o sursa credibila) ca si Suedezii au spus ca ar fi ales o masura intre ce au ales si ce a ales restul lumii.
Oamenii puteau fi lasati sa circule si fara declaratii si nu toate afacerile tb inchise. Sau puteau fi deschise mult mai rapid. Masca + distantare, pare a fi destul de ok.
DAR
Acum 3 luni nu aveam informatiile astea. Nu se stia nimic de aceasta boala. Daca era mult mai rau? Daca nici un medicament nu functiona, daca se transmitea mult mai usor si mai ales...daca erau complicatiile mult mai grave?
Neavand informatii, mergi pe worst case scenario si speri ca va fi mai bine.
Facand o paralela cu starea infrastructurii rutiere de la noi, e ca si cum ai licitata PiSi2-3-4 pe un SF vai de mama lui, fara foraje, eventual fara acord de mediu (ca la LD2),  comparativ cu a mai astepta  1 an si a licita cu fidic rosu cu PT facut cum trebuie si exproprieri la virgula.
Play safe sau all in? cu vietile oamenilor!

[pasadia]

Imunitatea la covid e estimata la minim un sezon, dar anticorpi raman in populatie (prin rotatie) asa ca probabil in sezonul urmator virusul va gasi mai putine gazde etc.

Uite așa te faultezi singur. Dar mno, unii inca lansează teorii cu privire la.lodul.in care acționează virusul (mă refer la ideea că nu atacul asupra plămânilor w cel mai grav ci atacul asupra celulei ce îmbracă vasele de sânge pe interior) dar tu ai asemenea convingeri legate de imunitate.

Asta nu mai e științific, arată deja a convingere apărată cu religiozitate.